En el inicio de la nave central de la ampliación de al-Hakam II, donde se hallaría el mihrab de la etapa de Abd al-Rahman II, fue construida la Capilla de Villaviciosa, que marcaba el inicio del camino sagrado que culmina en el nuevo mihrab. Al ser conquistada la ciudad por Fernando III, en 1236, será en este mismo lugar donde se instale la primera catedral cristiana, lo que denota la importancia de toda esta zona del edificio.