Solo una puerta daba acceso directo al interior de la sala de oración. Se trata de la denominada Puerta de los Visires (Bab al-Wuzara), por la que accedían, desde el alcázar, el propio emir, sus visires y los altos funcionarios y dignidades. Esta puerta, que hoy conocemos con el nombre de San Esteban, se remonta, de ese modo, a los tiempos fundacionales habiendo constituido la estructura de su decoración una clara pauta para las puertas que posteriormente se fueron levantando en las ampliaciones sucesivas del oratorio. Se piensa que es muy probable que el primer mihrab tuviese ese mismo esquema decorativo, integrado por un arco de herradura, cegado en su parte superior, enmarcado por un alfiz. En las dovelas del arco alterna la piedra blanca bellamente decorada y el ladrillo. Por una inscripción en el tímpano que menciona a Muhammad I sabemos que la portada fue restaurada en 855-856. Aquí se aprecian diversos motivos decorativos que a partir de ahora serán usuales en el arte andalusí, además del arco cegado en su parte superior, los revestimientos con decoración vegetalizada y la cornisa que la corona, soportada esta última por nueve canecillos de rollos. En los laterales del alfiz todavía se conservan algunos vestigios de atauriques y celosías. Se piensan que las celosías que todavía se conservan fueron reaprovechadas y constituyen un legado que el pasado nos ha transmitido de la que fue iglesia visigoda de San Vicente.
A medida que se realizan las ampliaciones se hacen otras puertas.

Puerta de san Miguel,  de la mezquita de Córdoba, en la ampliación de Al-Hakam II