El actual Panteón de Reyes se terminó entre 1617 y 1654, a donde se trasladaron sólo los reyes y madres de reyes. Un siglo después, Felipe IV trasformó esta cripta en la sacristía del nuevo Panteón de Reyes. A partir de este momento se cambiaron los cuidadosos protocolos de los ataúdes reales; las tumbas ya no miran a Oriente, sino que se pierden en un incoherente torbellino circular. El Emperador Carlos ya no está bajo el altar con el pecho debajo del sacerdote; Felipe II ya no descansa junto a sus tres mujeres y su hijo, igual separación que la realizada con su padre. Se sustituyó la idea de enterrar a cada rey con su familia por un panteón dinástico en el que sólo se aceptan reyes y madres de reyes, relegando a las otras reinas, príncipes y familiar. Tampoco se entendió la modestia de los sencillos enterramientos reales. Aún en el reinado de Fernando VII, la iglesia subterránea nunca perdió su carácter de capilla funeraria «palatina», función que conserva en la actualidad para ocasiones especiales,