La Cartuja de Miraflores fue fundada en 1442 por el rey don Juan II de Castilla. Pero la obra es casi exclusiva de su hija la reina Isabel la Católica. Es de estilo gótico de fin del XV, y fue construida sobre los restos de un palacio de caza construido por Enrique III el Doliente, padre del rey fundador. Los planos y la dirección son de Juan de Colonia y su hijo Simón. Juan de Colonia, respetando el estilo y las tradiciones cartujanas, construyó la iglesia con una sola nave.

1. En el cuerpo superior destaca una gran corona de ángeles que dibujan la forma de la Hostia consagrada en la misa 2. De este círculo emerge la Figura de Cristo, en el centro geométrico. 3. El Padre Eterno, vestido con capa pluvial y tiara pontificia, sostiene la cruz. 4. El Espíritu Santo, representado curiosamente como un joven revestido de túnica y con la corona imperial, sostiene la cruz desde otro lado. 5. El pelícano, símbolo del amor divino, se desangra por sus polluelos. Está sobre la cruz. 6. La Virgen, madre de Jesús, está la pie de la cruz. 7. San Juan, el discípulo amado, está a otro lado de la cruz. 8. Escenas de la pasión se encuentran en los círculos de los ángulos, todavía dentro del gran círculo formado por los ángeles. 9 y 10. La gran corona de ángeles está enmarcada, como si fueran dos columnas, por las figuras de san Pedro (9) y san Pablo (10), los pilares sobre los que Cristo fundó su iglesia. 11 a 14. Recuadrando la corona de ángeles está el tetramorfos: san Juan (11), san Mateo (12), san Marcos (13) y san Lucas (14). 15. Los padres de la iglesia: Gregorio, Ambrosio, Jerónimo y Agustín, venerados por su santidad de vidas y la profundidad teológica de sus escritos, están en los espacios rectangulares. 16.- El Sagrario, que contiene la esencia viva y sacramental de Cristo, es el centro propio. 17. Sobre el sagrario hay un nicho cuadrado que alberga una serie de altorrelieves fijos a un torno giratorio. Su fin es ayudar a los monjes a vivir con más intensidad los tiempos litúrgicos celebrados a lo largo del año, ya que cada uno de estos seis relieves corresponden a una de las grandes fiestas del calendario de la Iglesia: el nacimiento de Jesús, el Bautismo, la Resurrección, la Ascensión, Pentecostés y la Asunción de María. 18 y 19. A cada lado del Sagrario están los santos patronos de la vida solitaria de los cartujos: Juan Bautista (18) y María Magdalena (19). 20 y 21. Al mismo nivel, pero más laterales, están santa Catalina de Alejandría (20) -nombre de la madre del rey Juan II- y Santiago Apóstol (21), invocado como patrono de España y "guiador" de sus reyes. 22 y 23. Sobre estas estatuas completó Siloé la serie de círculos con otros dos, a la izquierda la Anunciación (22) y a la derecha la Adoración de los Magos (23). 24 y 24. La Última Cena (24) y el Prendimiento (25) están representados con dos altorrelieves. 26 y 27. En los extremos están representados los reyes Juan II (26), guiado por el apóstol Santiago e Isabel de Portugal (27), protegida por su santa patrona que tiene a su lado a su hijo, san Juan Bautista el precursor. 28 y 29. Sobre el rey y la reina están sus respectivos escudos.