Retablo del altar mayor

Pedro Berruguete comenzó a trabajar en el retablo del altar mayor en 1494. El retablo formaba parte de un ciclo iconográfico ideado posiblemente por el inquisidor fray Tomás de Torquemada en relación con el monasterio como sede del Tribunal de la Inquisición. Debería tener cuatro escenas de la vida de Santo Tomás de Aquino. Santo Tomás era el santo intelectual que utilizaba su sabiduría para vencer las herejías. Se completaba con otros dos retablos laterales dedicados a santo Domingo de Guzmán, fundador de la Orden, la más relacionada con la actividad inquisitorial, y a San Pedro de Verona, inquisidor y mártir que murió asesinado por los herejes. Hoy están desaparecidos esos retablos de los que se conservan tablas en el Museo del Prado (ver más abajo).
La Leyenda de Santo Tomás, escrita en castellano del s. XIV, que perteneció al convento madrileño de Santo Domingo el Real y fue publicada en 1924 por el dominico Luis Alonso Getino, sirvió de fuente de inspiración iconográfica a Berruguete. El códice perteneció al citado convento madrileño, sepulcro y habitación de reyes, por lo que no sería extraño que los Reyes Católicos o Torquemada... pudieran conocerlo y facilitar a Berruguete su lectura y extractar los pasajes oportunos. Estos pasajes son las cuatro escenas de la vida de Santo Tomás que aparecen en el retablo.

Estas (ordenadas de derecha a izquierda en el cuerpo superior y al revés en el inferior) son: Santo Tomás: recibe el hábito de novicio; la Tentación de Santo Tomás; San Pedro y San Pablo se aparecen al santo y le instruyen en Sagradas Escrituras y santo Tomás en oración ante el Crucificado cuando éste pronuncia las palabras: "Bene scripsisti de me, Thoma". Las dos primeras corresponden a la adolescencia del santo, las otras dos a la madurez. tres de ellas tienen carácter extraordinario y plasman la descripción que se hace de ellas en del texto Leyenda de santo Tomás. En la predela están los santos Esteban, Agustín, Juan Evangelista, un ángel con la Santa Faz, Mateo, Jerónimo, y Sebastián, así como un ángel con la corona de espinas la pasión. En las entrecalles hay ángeles de las entrecalles que tienen libros abiertos o cerrados, algunos de los cuales contienen referencias a la principal obra de Santo Tomás, la Summa Theologicae.
A la izquierda, santo Tomás recibe al hábito de fraile dominico. A la derecha, dos ángeles ciñen al santo el cíngulo de la castidad.

Tomás de Aquino, que ha nacido en 1224, recibe en la primavera de 1244, formalmente, el hábito dominico de manos del Maestro General de la Orden de Predicadores. Es puesto bajo tutela de Alberto Magno quien se lo lleva a su escuela en Colonia.

En la escena de la Tentación, dos ángeles están atando al santo, muy concentrado en la oración, el cíngulo de castidad. El milagro se refuerza con las palabras que pronuncian los ángeles que se encuentran en la base de la pintura: "Ex parte Dei te cingimus cingulo castitatis quod nullatenus dissolvetur". En el quicio de la puerta de la habitación, un distinguido personaje levanta los ojos del libro que está leyendo como si quisiera presenciar el milagro. Como dice Laínez es de clara inspiración,(indumentaria, elegancia) en el Quattocentro florentino. Frente a él, según Laínez, un ángel asoma la cabeza. Según Angulo es la cortesana que está ya fuera de la habitación pero vuelve todavía el rostro. Ambas figuras contribuyen a acercar a la realidad el milagro. Equilibran lo real y lo sobrenatural, aunque el objetivo de Berruguete es formal, no iconográfico. Como dice Martín González "Berruguete introduce figuras elegantísimas en primer término, vueltas, para dar más profundidad a la pieza".
A la izquierda, escena en la que el crucificado se dirige al santo. A la derecha, en la escena de la Aparición de San Pedro y san Pablo, estos, majestuosos y solemnes, contrastan con un santo Tomás asombrado ante tal presencia cuando estaba concentrado en la solución de cuestiones intrincadas que le aclararán los dos santos. Al tiempo, fra Reginaldo, que ayudaba a santo Tomás como amanuense, absorto en lo que escribe, no parece participar de la visión. El milagro está tratado con gran naturalidad a lo que contribuye la presencia de fra Reginaldo y los objetos materiales propios de un estudio.
En esta escena, el Crucificado se dirige al santo que está orando ante Él, para alabar, santificar y premiar su obra. La puerta abierta que permite ver el paisaje del fondo, aun cuando tenga una razón formal, la perspectiva, la presencia de dos frailes en el quicio leyendo un libro y también la de un personaje, de nuevo de gran inspiración florentina, contribuyen a acercar a la realidad cotidiana un acontecimiento extraordinario para el santo como se refleja en su rostro.
El conjunto se halla presidido por la imagen de Santo Tomás de Aquino representado con el birrete de doctor como hombre de estudio. En una de sus manos porta una pluma, atributo alusivo a la condición intelectual del santo que dedicó varios de sus escritos al misterio de la Eucaristía. Su consagración al estudio de las Sagradas Escrituras y su sabiduría fue utilizado por la Orden de Predicadores como una de las principales armas para vencer a las herejías. Más elocuente y original es aún el segundo de los atributos con el que es caracterizado, una Sagrada Forma sobre un cáliz en el interior de un tabernáculo. No sorprende en manos de un defensor de la Eucaristía, pero debemos tener en cuenta, además, el significado de ese sacramento en el momento histórico que se estaba viviendo. Denostado por los judíos, se convirtió en el principal símbolo del cristiano. Por otro lado, no estaba lejos el caso del “Santo Niño de La Guardia”.El hecho de que sea mostrada por Santo Tomás exalta uno de los principales sacramentos de la Iglesia Católica, como es la Eucaristía, y que más polémica había suscitado entre la clase judía llevando a muchos de sus miembros a la hoguera bajo la acusación de prácticas relacionadas con este hecho. Los milagros eucarísticos y las historias sobre Hostias profanadas. sirvieron a los predicadores como instrumento de convencimiento50. Por otro lado, una de las características que definían a los herejes era su comportamiento en la Misa, en el momento más culminante de ésta, es decir, el de la consagración, realizando gestos obscenos y desviando la vista hacia el muro. Aunque la tabla fue alterada en el S. XVIII, añadiendo un repinte que ocultaba el auténtico fondo para dar un aspecto escultural a la imagen de Santo Tomás, aún se pueden apreciar las esquinas del dosel que, del mismo modo que en las tablas de los titulares de los retablos de Santo Domingo y San Pedro Mártir, cubría a Santo Tomás. El dosel remitía a la ceremonia de los autos de fe, en los que sólo la tribuna de los inquisidores se distinguía por este elemento.
Otras tablas de los retablos del monasterio
En el Museo del Prado se guardan otras tablas realizadas por Berruguete para otros dos retablos que acompañarían al que se conserva todavía en el convento de Santo Tomás de Ávila, sede de la Inquisición.
En esta tabla se representa a santo Domingo de Guzmán, fundador de la Orden Dominica. El santo aparece con el libro y la flor de lis y con su cruz aplasta a un perro demoníaco con una tea encendida, símbolo del mal. Como fue el inquisidor Torquemada el que inspiró, posiblemente, la iconografía de estos retablos,  identifica al santo con un Inquisidor, cosa que nunca fue.
En la Edad Media se recurría a la "prueba del fuego" para establecer la verdad, con lo que el milagro primaba así sobre los argumentos racionales. Santo Domingo hace depositar sobre el fuego uno de sus libros y otro de los doctores albigenses para demostrar los errores de su doctrina. Prodigiosamente, el del santo se eleva sobre las llamas, que consumen el de los herejes.
En un interior eclesial, el santo, en levitación, bendice con la diestra a Napoleón Orsini, muerto al caer de un caballo como puede verse a la izquierda, a través de la puerta que comunica con el exterior. Simultáneamente, Santo Domingo tira con su otra mano de Napoleón, representado como un niño, que resucita milagrosamente ante el asombro de los presentes.
Como consecuencia de los ataques del demonio a los primeros dominicos, se instituye en honor a la Virgen una procesión, en la que se canta el Salve Regina. En esta tabla, realizada para el retablo de Santo Domingo de Santo Tomás de Ávila, María se aparece a los frailes que, salvo el oficiante, no advierten su presencia.
Auto de fe
Esta tabla también procede del convento, pero no se sabe si de los retablos anteriores o si fue pintada para la sacristía. Fue adquirida por el Estado en 1867. Santo Domingo, recibió la orden del Papa de acabar con la herejía albigense, originaria de la ciudad francesa de Albi. Berruguete, iniciador en España del nuevo estilo renacentista, logra en esta obra retratar la Castilla de los Reyes Católicos, al representar una escena que tuvo lugar a principios del siglo XIII tomando elementos de su entorno inmediato. Los personajes, perfectamente individualizados, están vestidos a la manera de finales del siglo XV y parecen inspirados en alguno de los autos de fe que se celebraron en Ávila en esos años.
La tabla recoge el momento de la celebración de un Auto de Fe presidido por el santo, que aparece sentado en un trono situado en una tribuna portátil, vista desde un punto de vista muy bajo, con lo que se acentúa la distancia entre los condenados y los jueces, resaltando así el protagonismo del grupo de personajes situado en la parte superior del cuadro, bajo el dosel.
El pintor presenta a Santo Domingo vestido con el hábito de su Orden. Extiende la mano derecha en un gesto de clemencia hacia uno de los condenados que, acompañado por un fraile dominico, se encuentra en el nivel medio de la composición, al pie de la escalerilla. Rodean al santo otros jueces, uno de los cuales porta el estandarte de la Inquisición. Al  fondo de la grada inferior, varios hombres, sentados o de pie, dialogan entre sí totalmente ajenos al drama humano que se está desarrollando ante sus ojos. Hay quien llega incluso más lejos en su actitud de despego e indiferencia ante los hechos, como es el Inquisidor del centro, que el pintor nos muestra -no sabemos si guiado por un afán naturalista - plácidamente dormido con la cabeza apoyada en el respaldo de la grada.
En la parte inferior derecha aparecen los condenados, dos de ellos en la hoguera, y otros dos tocados con corozas y cubiertos por sus respectivos sambenitos, en los que se lee "condenado herético", que esperan su turno custodiados por soldados.