En esta obra se describe el martirio de san Mauricio, general romano, junto con toda su legión por negarse a participar en los sacrificios a los dioses paganos. Atraído posiblemente por los trabajos de El Escorial, el Greco realiza este cuadro para Felipe II. Pone todo el cuidado posible para agradar al monarca, pero éste no aprecia la obra, aunque se la queda. Por eso es la única pintura del Greco que se guarda en El Escorial.
Compone el cuadro con tres escenas distintas, aunque interrelacionadas entre sí. En primer plano, coloca a san Mauricio con sus generales comentando la situación que se ha creado por negarse a ofrecer sacrificios a los dioses paganos. A mano izquierda, se ve la legión, en una fila serpenteante, con san Mauricio junto al primer decapitado. Junto a estas dos escenas de la vida real, coloca otra escena del mundo del más allá: entre unas nubes, están los ángeles que llevan en sus manos los símbolos del martirio (las palmas y las coronas). Junto a esta triple composición, coloca una triple perspectiva, algo fácil para el Greco. El primer grupo tiene una perspectiva que está al mismo nivel que el espectador, con las figuras de mayor tamaño del cuadro. A mano izquierda, el punto de perspectiva está muy alto, a la manera gótica flamenca. El mundo de los ángeles está visto desde una perspectiva baja.

Entre las características más manieristas de su pintura podemos apreciar: la deformación de las figuras alargadas, la suavidad de los gestos, los colores fríos que emplea en el cuadro. Otra característica del Greco, que irá acentuando con el tiempo, y que se debe a su ascendiente bizantino, es la ausencia de arquitecturas (que emplea por influjo veneciano en sus primeras obras). Tal vez por el poderoso influjo miguelangelesco, están los violentos escorzos de los ángeles y del primer sacrificado. Los cuerpos estilizados, la actitud serena de los personajes, nos dan la idea de unos rostros que reflejan más que su aspecto sicológico ante la situación que se les avecina, el aspecto espiritual, metafísico de la situación. La no aceptación de Felipe II del cuadro, hace que el Greco no se convierta en pintor de la corte ni al servicio del monarca. Se va a encerrar en Toledo, donde se producirá la transformación cada vez más poderosa del pintor.
El Padre Sigüenza, testigo de cómo la obra no agradó a Felipe II, señala que el lienzo no satisfizo "a Su Magestad, porque contenta a pocos, aunque dicen es de mucho arte y que su autor sabe mucho y se ven cosas excelentes de su mano". El pintor se había equivocado, a juicio del rey, pues en vez de potenciar la decapitación de San Mauricio y sus compañeros a manos de los romanos, concentra toda su atención en el instante previo al martirio: la discusión tras la que estos legionarios cristianos deciden no adorar a los ídolos paganos para preservar su fe. Y este debate no provocaba ninguna devoción al fiel que se acercaba a rezar ante el lienzo, por muy ingeniosa que fuera la composición, muy elegante la postura de los soldados y brillante el colorido.  El Greco había violado la regla de oro de la estética contrarreformista: otorgar primacía al estilo sobre la iconografía, en vez de subordinar el arte a la temática religiosa.
Felipe II entregó el cuadro a la comunidad jerónima de El Escorial y ordenó al pintor Rómulo Cincinnato que lo sustituyese por otro más claro y "decoroso".