En el interior del edifico se aprecia la austeridad propia de la orden franciscana, para la que fue construido el edifico a partir de 1245. En el lado de la epístola, es decir el lado derecho, se abre la capilla cuadrangular de don Diego Gómez de Sandoval, fallecido en 1455. Consta de varias piezas, y en su interior se conservan todavía varios paños de yesería mudéjar, que representa delicados motivos como decoración de lazos, motivos vegetales (granadas y otros) y tramas romboidales (sebka).