El día 5 de julio de 1780, Francisco Goya presenta este cuadro a la Real Academia de Bellas Artes de San Fernando, con la finalidad de ser elegido miembro de la misma, cargo que obtuvo por unanimidad el día 7 del mismo mes. Con la elección del tema mostró su habilidad e inteligencia. Goya sabía muy bien que a los académicos les había de brindar un desnudo y sabía también que al concepto español le iba muy bien un tema relacionado con la religión, mucho más aún, un Cristo de la Agonía, para así poder dar una versión clásica y no atormentada del desnudo.
Este Cristo crucificado, fue desde el principio, una de las obras más conocidas y admiradas de Goya por su calidad, pero también una de las más discutidas como imagen religiosa. Pero la pintura, hay que tenerlo en cuenta, fue realizada para que su autor pudiese ingresar en la Academia. Por lo cual la obra debería gustar y contentar a todos los académicos, además de satisfacer el gusto erigido en estilo oficial de la Academia, cuyas normas y criterios imponían en aquel momento los pintores Mengs y Bayeu. Goya hábilmente presenta una obra recurriendo a dos tópicos muy precisos; por un lado, el tema de Cristo y todo cuanto representa en España; por el otro, recurrir a la figura desnuda y modelarla con precisión y justeza, según exigía la Academia. También utilizará el pintor, como mera fuente de inspiración y referencia, el modelo iconográfico del Cristo de Mengs, de Aranjuez, eliminando todo fondo de paisaje, para aproximarse también de alguna manera al Cristo de Velázquez, del Prado. Goya buscó con esa aproximación a Mengs que tenía gran influencia en los círculos académicos; el aragonés pensó, sin duda, que esa deferencia podía serle beneficiosa.
Esta pintura que tuvo buena prensa cuando Goya la pintó, no la ha tenido tanto a lo largo del siglo XX. Pero a pesar de todas las discusiones acerca de la misma, lo cierto es que hay en ella grandes hallazgos y brillantes soluciones plásticas. Utilizando la habitual iconografía del crucificado con cuatro clavos, nos presenta el pintor una robusta cruz, sobre la cual se muestra un cuerpo joven y hermoso, con la pierna derecha un poco adelantada y los pies firmemente apoyados sobre una peana. Tenemos una figura armoniosa y ondulada, que no presenta signo alguno de violencia externa o restos de sangre, salvo en la cabeza que inclina suavemente hacia la izquierda. De alguna manera esta hermosa imagen de Cristo, aún partiendo de presupuestos y esquemas anteriores, se aleja totalmente de los tópicos y soluciones efectistas del barroco español. Hay un nuevo concepto espacial en esta pintura y un mayor pictoricismo, donde los matices se revalorizan y cobran un mayor protagonismo las transparencias y veladuras, desapareciendo las líneas y los contornos del dibujo.
La disposición de la figura de Cristo sobre un fondo oscuro y neutro da como resultado la aparición de una imagen serena, carente de dramatismo y forzadas emociones. El desnudo del Crucificado se convierte en un desnudo académico que, sutilmente modelado, hace que la anatomía del cuerpo se resuelva con unas carnaciones a base de tonos azul-rosados, que dan unas calidades perladas y matizadísimas a la piel, que consigue una tibieza casi humana. Es muy hábil el juego de sombras y transparencias con el cual el pintor consigue el perfecto modelado del cuerpo, cuyos músculos aparecen pintados con delicadas gradaciones y exentos de toda tensión. Esta imagen no tiene la crispación de la agonía, pero carece del reposo de la muerte. Tan sólo la cabeza parece tener vida propia, sus ojos miran hacia el cielo y de su boca abierta parece salir un callado grito. En esa cabeza ha centrado el pintor toda la fuerza expresiva del Cristo, en esa dolorosa y sufriente mueca que, para potenciarla más, recurre Goya a una técnica más suelta y expresiva, más cargada de pasta y con un modelado más fuerte. Con ese contraste del rostro, Goya empieza a emplear su sistema de pinturas ambiguas, en las que junto a la belleza de una parte -en este caso el cuerpo- contrapone la expresividad y violencia manchista, que aquí imprime a la cabeza.
Con frecuencia se ha hablado de la falta de sentido religioso en esta representación de Cristo. Posiblemente Goya se preocupó más por la calidad pictórica y el perfecto modelado de la figura, así como de obtener esa fuente de luz natural que parece emanar del cuerpo del crucificado y centra nuestra atención en Él. Sea como fuese, el Cristo crucificado no fue concebido como una imagen de culto y devoción para colgarse en un altar de iglesia. Fue una pintura realizada expresamente para cumplir un objetivo, que era la entrada triunfal de Goya en la Academia.