En 1936, ante la amenaza que suponían los bombardeos sobre Madrid durante la Guerra Civil, varias obras del Prado fueron embaladas y trasladadas a Valencia para salvaguardarlas. En 1938 los lienzos sufrieron un nuevo viaje, en esa ocasión de Valencia a Gerona. A su paso por Benicarló el camión en el que viajaban los grandes lienzos de Goya chocó con un balcón (otra versión de la historia dice que el balcón se derrumbó por un bombardeo). El impacto desgarró parte de los lienzos y La carga de los mamelucos sufrió una rotura del soporte textil en dos zonas, que posteriormente se perdieron durante el viaje. (En la imagen de arriba, el cuadro tal como se ha visto hasta hace pocos años).
El golpe afectó sobre todo a este cuadro, produciéndose pérdidas de tela original y varios rasguños transversales que cruzan el lienzo de un lado a otro, cómo se puede observar en la imagen. Con el primer arreglo, el que vemos en la foto, la mirada del espectador se iba hacia la izquierda del cuadro, la pérdida del sable curvo a la izquierda hacía que la composición estuviera abierta hacia ese lado, además, la perspectiva quedaba alterada. Todo esto se ha corregido con la actual restauración.
Radiografía en la que se aprecian los rasgones horizontales y las partes de tela perdidas.
Para esta restauración se ha utilizado la documentación fotográfica antigua. El tratamiento de fotos antiguas con tecnología digital ha facilitado la restauración de las zonas. Fotografía tomada por Jean Laurent y Minier (1816-1886).
Fotografía tomada por James Anderson (también llamado Isaac Atkinson) (1813-1877).
Foto de Joseph Jean Marie Lacoste y Borde, en la Fototeca del Patrimonio Histórico Nacional.
Los lienzos fueron restaurados en 1938 realizando un reentelado para garantizar la estabilidad de las obras. En septiembre de 1939, ya en el Prado, Manuel Arpe finaliza la restauración de los dos lienzos. Para reintegrar el color en las zonas perdidas utiliza la técnica conocida como tinta neutra, es decir, en toda la zona perdida se aplica un color liso, uniforme y que entone con el resto de la obra para así pasar desapercibido. El color elegido para esta reintegración fue un rojo oscuro casi marrón, que aunque estaba entonado con la obra, no pasaba desapercibido. (a la izquierda con la tinta roja; a la derecha, tras la restauración actual).
La restauración de la obra, realizada entre 2007 y 2008, ha devuelto al cuadro su brillantez original y sus relaciones espaciales. en esta restauración se ha reintegrado lo perdido, logrando la reintegración invisible de esas lagunas de color al devolver la unidad y, con ello, el sentido a la composición.  La restauración también ha limpiado el cuadro y se han quitado barnices amarillentos oxidados por el tiempo.