Lugar de colocación de la basílica de Constantino
San Pedro fue enterrado en una humilde fosa excavada en la ladera sur de la colina del Vaticano, justo en frente del circo. Sobre esta modesta tumba, cien años después del martirio del Apóstol, se construyó una pequeña capilla funeraria a finales del siglo II, según ha informado a tiempo el historiador Eusebio. Este edículo llamado "Trofeo de Gayo," señaló la tumba. En los primeros años era un destino de peregrinaciones religiosas.
En marrón el lugar ocupado por la basílica levantada por Constantino. En verde, el lugar ocupado por el circo Nerón que tiene que derribar para hacer la basílica. Se observa la planta de la basílica levantada en el XVI por Miguel Ángel, así como la actual plaza de san Pedro con su característica forma elíptica.
En la imagen inferior se ve el lugar ocupado por la necrópolis romana (en rojo) en la que fue enterrado san Pedro. Tanto la basílica de Constantino como la del XVI tuvieron buen cuidado de colocar el altar encima exactamente del lugar de la tumba. Volvemos a ver estas imágenes en en renacimiento.
Tumba de san Pedro

En el siglo XX,  con el impulso del Papa Pío XII , se iniciaron las obras de excavación de los restos arqueológicos situados bajo la actual basílica, con el objetivo de buscar los restos de san Pedro. Era el año 1949. El resultado fue el descubrimiento de un grupo de sepulcros excelentemente conservados. Bajo los suelos de la gran Basílica de S Pedro hay dos niveles. El primer nivel está ocupado por las Grutas Vaticanas, en las que encontramos las tumbas y capillas de reyes, reinas y Papas desde el siglo X en adelante. Un nivel más abajo, hay una necrópolis de la época anterior a Constantino que desciende hasta 11 metros del suelo de la basílica.
La tumba y el muro rojo
Las aguas debieron erosionar mucho el terreno donde estaba la tumba, por lo que se intentó proteger la tumba con un muro, el llamado muro rojo. Tiene este muro una longitud de unos 8 metros, con un altura constante de 2,45 metros, un espesor de 60 centímetros, y un bello enlucido rojo en su cara oriental. Debe fecharse en el año 145.  Apoyada en el muro rojo y en dos columnillas, ha aparecido, en las excavaciones, una mesa que seguramente fue coronada por un marco de mármol asignado a la parte superior de la hornacina, en correspondencia con el texto que transcribe Eusebio de Cesarea en su Historia eclesiástica en el que Gaio, posiblemente un presbítero, escribe entre los años 199 a 201 que puede visitar la tumba de los Apóstoles en el cementerio vaticano
Los grafitos son unas inscripciones hechas con punzón en el enlucido de los muros. Lo que se ve allí es una maraña, porque están escritos unos encima de otros. Ha publicado tres gruesos tomos en folio descifrando esos grafitos. Descubre unos muy interesantes. Por ejemplo: «Pedro, ruega por los cristianos que estamos sepultados junto a tu cuerpo.» Otra inscripción es el logotipo de Pedro, que era como una P y en el palo vertical tres rayas horizontales en forma de llave. Significa: «Pedro el de las llaves.» Alude al pasaje evangélico de san Mateo, en el que Cristo entrega a Pedro las llaves del reino de los cielos.
La basílica de Constantino
La basílica ocupando parte del circo y de la necrópolis, en la ladera del monte Vaticano.