La estructura de la cueva de Altamira presenta tres núcleos o zonas. Esto es algo bastante frecuente en las grandes cuevas. En la parte inicial (A), junto a la entrada, está el techo con los policromos y otra serie de pinturas y grabados. Donde está el punto de color marrón, hay una serie de "macarrones" o grabados con el dedo sobre arcilla. En la parte media de la cueva (B), hay unos signos escaleriformes en la zona marcada de azul; la parte más interesante se encuentra en el trazo verde, conocido como La Hoya. Después hay una amplia zona sin restos. En la parte final de la cueva (C), conocida como Cola de Caballo, se encuentran las últimas pinturas y grabados.