A pesar de que el edificio siempre ha estado a la vista y era conocido por la gente del lugar fue descubierto, o redescubierto en 1980, cuando era una ruina a punto de hundirse definitivamente. Hasta la desamortización de Mendizábal de 1835 perteneció al clero, momento en que junto con los terrenos circundantes pasó a manos de particulares. A mediados de este siglo el edificio se utilizaba como establo de ganado y cobijo de campesinos. Abajo, fotos antes de la restauración.
Un elemento excepcional sin duda es la presencia de tres ábsides. Es un signo de identidad de las iglesias arrianas. El arrianismo, declarado herejía en el concilio de Nicea en el año 325, negaba la divinidad de Cristo como consecuencia de la negación de que fuese hijo de Dios. No admitía por tanto la unidad de la Santísima Trinidad y como signo de identificación los templos arrianos tenían tres ábsides en vez de uno. Nos encontramos por tanto, al parecer, ante un templo arriano lo que no debe extrañar pues esta doctrina tuvo auge entre los pueblos bárbaros hasta finales del siglo VI. Concretamente la mayoría de los visigodos asentados en la península abrazaron el arrianismo.
De la iglesia de Santa Lucía solo ha llegado a nosotros su núcleo central ya que han desaparecido unas habitaciones laterales de las que solo conocemos su planta gracias a las excavaciones arqueológicas, lo que nos permite imaginar su estructura. A la iglesia se podía entrar por dos porches, uno al norte y otro al sur, desaparecidos con las habitaciones laterales y cuyas puertas siempre estaban abiertas ya que no tenían ni quicios ni molduras o mochetas. Ambos hechos son excepcionales pues normalmente a las iglesias se accede por el Oeste y sus puertas se cierran con hojas de madera. Tres ábsides tenía también San Juan de Baños, pero se modificaron para unirlos.

Esta cubrición del XIV o posterior no ha sido tocada en la restauración.
Tiene un cuerpo de tres naves muy estrechas, separadas por pilares que ya no existen, un estrecho pasillo central que comunica con un crucero, y tres cabeceras rectangulares. A un lado y otro de las naves, se desarrollan habitaciones adosadas de función incierta. Es posible que el estrecho pasillo ante el crucero, cerrado por canceles, fuera el lugar del coro, y el crucero, con salidas al exterior por dos puertas laterales, lugar de comunicación entre las cabeceras y el pasillo. En la cabecera central se dispondría el altar, siendo lo más probable que las laterales sirvieran como sacristías. El cierre de las cabeceras es abovedado en herradura, y el del crucero también.