Hay una novedad en los soportes de la nave, que será después utilizada por este mismo arquitecto en Málaga y Guadix. Estos pilares, de proporciones vitrubianas, llevan sobre el capitel un tramo de entablamento y, encima, otros pilares de menores proporciones para elevar su altura. con estos suplementos se llegaba a las bóvedas y no se perdía la proporción armónica.

Diego de Siloé proyecta una rotonda con deambulatorio en la cabecera y una basílica de cinco naves escalonadas en el cuerpo. La utilización de un martiryum en la cabecera respondía a dos razones: servir de panteón real a Carlos V y halagar al Cabildo; no en vano, Granada se identificaba con la antigua ciudad de Iliberis, donde se creían que un discípulo de Santiago, San Cecilio, había fundado la primera diócesis española. Con la recuperación de esta ciudad del Islam, los cristianos recobraban también la sede diocesana primada y esta creencia debió de influir en los canónigos para hacer resurgir modelos paleocristianos y emprender una corriente por la simplicidad de la liturgia. Sólo así se puede entender que Siloé prescindiera del retablo mayor y lo sustituyera por un altar, donde estuviese expuesto permanentemente el Santísimo, irradiando y redimiendo a una ciudad que permaneció ocho siglos en poder de los musulmanes.