El Panteón
La idea original de Felipe II fue hacer un lugar para ser enterrados él, su padre Carlos I y sus respectivas familias, incluidos el príncipe Carlos y Juan de Austria. Todo este plan inicial del rey Felipe II para colocar las tumbas se verá alterado con la llegada al trono de Felipe III y Felipe IV, ya en el XVII. Esto se ve en la arquitectura barroca española.
En (B) está el lugar originalmente pensado para el enterramiento con los sarcófagos. La cripta se terminó en 1568. Estaba colocada exactamente debajo del altar (A) y del sagrario (F). Felipe II fue enterrado en este lugar cuando murió. Al mismo tiempo se hizo la parte inferior, actual panteón,(C); era una capilla palatina funeraria de acceso privado para la familia real y a la que no tendrían acceso los monjes. Esta capilla, trazada por Juan Bautista de Toledo, debió quedar terminada en 1570. En la letra (E) estaba el sotocoro para que los monjes, que llegarían por unas escaleras de caracol, rezaran por los difuntos. Encima estaba el coro (D) desde donde la familia real asistiría al culto. La letra (G) señala la ventana para que, a semejanza de la capilla principal de la basílica, el rey pudiera seguir el culto de esta capilla funeraria desde sus propios aposentos. Los dormitorios de verano, apenas utilizados por el clima de El Escorial, estaban en la parte más fresca del monasterio, justo debajo de las habitaciones ocupadas durante el resto del año.
Esta es la imagen de la cripta, austera y desornamentada catacumba, que el propio Felipe II eligió para su eterno reposo. Está cubierta con una bóveda en "U" alrededor del Panteón. Encima se encuentra el cenotafio de Carlos I y Felipe II. Aquí deberían haberse alojarse los féretros de Carlos I y Felipe II. Pero hoy sus restos se encuentran en el suntuoso Panteón barroco, con lo que se adulteró el deseo real. Ahora este lugar sirve de trastero y no se visita.