El monasterio de El Escorial, además de palacio, pinacoteca, convento, biblioteca y basílica, es también gran relicario de relicarios, es decir, relicario en su doble acepción de pieza artística destinada a la conservación y veneración de la reliquia de un santo (sentido estricto) y también una capilla o reliquiario como conjunto de piezas concentradas en una iglesia o altar (sentido lato) para veneración general. En la compleja personalidad religiosa de Felipe II, la preocupación por acumular reliquias ya refleja un perfil orientado también a la profunda veneración personal de las mismas, hasta tal punto que el cronista escurialense contemporáneo, fray Jerónimo de Sepúlveda (+1634), llega a decir, aunque sea hipérbole, que el intento y fin de la "octava maravilla del mundo... no fue sino que esta su Casa y hechura suya fuese sepulcro de cuerpos santos; y ansí procura [Felipe II] con tantas veras de traerlos tan a costa suya y hacerles tan ricos y costosos relicarios".

Siguiendo uno de los preceptos dados por el Concilio de Trento sobre la veneración de los santos, Felipe II dotó al monasterio de una de las colecciones más ricas de reliquias del mundo católico. La colección se compone de unas 7.500 reliquias, que se guardan en 507 cajas o relicarios escultóricos trazados por Juan de Herrera y, en su mayoría, construidos por el platero Juan de Arfe Villafañe. Estos relicarios adoptan las más variadas formas: cabezas, si son para conservar restos sagrados de cráneos; brazos, si son para huesos de las extremidades; estuches piramidales, arquetas y un largo etcétera. Las reliquias se distribuyeron por todo el monasterio concentrándose las más importantes en la basílica, en los dos altares realizados para este fin. Los restos sagrados se guardan en dos grandes armarios, decorados por Federico Zúccaro, que se encuentran divididos en dos cuerpos; se pueden abrir por delante, para ser expuestos al culto, y por detrás, para poder acceder a las reliquias.
Retablos relicarios
 En el lado del Evangelio, bajo la protección del Misterio de la Anunciación de María, se guardan todos los huesos de las santas y mártires. Las puertas de los armarios (La Anunciación y san Jerónimo) de las reliquias fueron pintadas por Zuccaro, pintor italiano manierista. Se debía pintar en cada armario una escena en el interior y otra en el exterior de las puertas. Los armarios se encuentran al final de las naves laterales.

En el retablo de la Anunciación, Zuccaro buscó la variedad de las expresiones (pintó el momento del susto de la Virgen ante la llegada del Ángel en el interior, y en el exterior una escena en que la virgen ya lo había asumido). Pero esto no gustó a Felipe II y los mandó repintar por Juan Gómez, conservándose finalmente una composición más serena con numerosos detalles simbólicos. Juan Gómez fue un pintor de cámara de Felipe II, bastante mediocre; estuvo activo en Madrid a partir de 1592. Pintó trípticos para El Escorial

En el lado opuesto al de la Anunciación, en el Altar de San Jerónimo, se sitúan los restos de los santos y mártires.

El retablo de San Jerónimo representaba en el parte interior la personificación de las Virtudes que acompañan al Santo. También fue repintado por Juan Gómez, conservándose finalmente en la parte interior una escena de San Jerónimo contemplando el tema que le inspira (2 niños jugando con un león). En la parte exterior aparece el Santo traduciendo los Evangelios.