El sepulcro de Julio II constaba de tres pisos distribuidos en estructura piramidal: la base se adornaba con Victorias flanqueadas por esclavos, que, según Vasari, personificaban las "provincias subyugadas por Su Santidad y llevadas a la obediencia de la Iglesia Católica", y según Condivi, aludían  a las artes liberales; la planta intermedia contenía relieves en sus frentes representando "los hechos de tan gran Pontífice", y cuatro grandes imágenes en las esquinas: Mosiés, san Pablo, la Vida Activa y la Vida Contemplativa; finalmente, en el ático, Julio II aparecía sentado en la silla gestatoria, sostenida por dos ángeles: uno sonriendo, "como se estuviera contento de que el alma del Papa hubiera sido recibida entre los justos"; y el otro llorando, "como si estuviera dolido porque el mundo había sido privado de un hombre semejante".

El programa iconográfico escondía un sentido alegórico, de raíz neoplatónica, que pretendía armonizar la fama temporal con la salvación eterna del Papa. Pero la envidia de Bramante se opuso a la ejecución de este proyecto inicial, y el panteón contemplará, entre 1505 y 1542, seis reformas, acompañadas de disputas y reconciliaciones entre las partes: con Julio II, primeramente; y después con sus herederos. Arriba y abajo, dos imágenes del proyecto para la tumba.

El resultado final no satisfizo a nadie. Se le colocó en San Pedro ad Vincula, en vez del presbiterio de la basílica vaticana. De las 47 esculturas proyectadas sólo se realizaron ochos; los dos esclavos del Louvre, los cuatro de la Academia de Florencia, la Victoria del Palazzo Vecchio, también en Florencia, y el Moisés, que es la única que se conserva en el mausoleo.  Es comprensible que Miguel Ángel llamara a este frustrante episodio, que se alargó durante cuarenta años, "la tragedia de la sepultura".