La escena y los personajes
"Dicho esto, Jesús, estremeciéndose, declaró: Sí, os aseguro que uno de vosotros me va a entregar. Los discípulos se miraban unos a otros sin poderse explicar por quién lo decía. Uno de sus discípulos estaba reclinado inmediato a Jesús era el predilecto de Jesús. Simón Pedro le hizo señas de que averiguase por quién podría decirlo". Juan, 13, 21-24.
Vasari escribe sobre esta pintura: "Esta obra ha sido siempre tenida en grande veneración por los milaneses, como por los forasteros, pues Leonardo imaginó expresar, y logró hacerlo, aquella sospecha que había entrado a los apóstoles, al querer saber quién traicionaría a su Maestro. Así, puede verse en el rostro de todos ellos el amor, el temor, el enojo o bien el dolor de no poder comprender la intención de Cristo, y no causa esto menor maravilla que el advertir, por el contrario, la obstinación, el odio y la traición de Judas".
La posición de los apóstoles, detrás de la mesa y agrupados en tríos, es nueva. Hasta entonces solía situarse a Judas aislado y enfrente del resto de los comensales. En su Tratado de la Pintura escribirá: "un buen pintor tiene dos objetos que pintar, el hombre y los movimientos del alma. Lo primero es fácil, pero lo segundo no, porque tiene que representarlo a través de las actitudes y gestos de sus miembros". 
La figura de Cristo no es sólo el centro de fuga, como se verá más abajo, sino el centro teológico de la obra. La figura triangular de Cristo, que se recorta ante la ventana del fondo, expresa la soledad más absoluta que se puede dar en un hombre que lo ha dado todo y se encuentra a punto de ser traicionado por uno de los suyos. Leonardo visualizará esta definición en el dramatismo de los discípulos y sus reacciones de incertidumbre e interrogación ante el anuncio de la traición.
Uno sólo comprenderá las palabras de Cristo: Judas, con pelo y barba negra, que se siente descubierto y exterioriza la conciencia del peligro, estrujando con inquietud la bolsa de las monedas. Por detrás de él, Simón Pedro hablando con Juan, cerca de Cristo, el único imberbe del grupo. Todas las identificaciones provienen de un manuscrito autógrafo de Leonardo hallado durante el siglo XIX. La variedad de gestos y actitudes constituye un verdadero catálogo de las distintas reacciones humanas ante la noticia de la traición, desde la placidez de Cristo hasta la expresión de la ira, la incredulidad, la duda..., representado mediante el lenguaje de las manos y los gestos de la cara.
En el grupo de la izquierda, alejado de Cristo, están Bartolomé, Santiago el Menor y Andrés. Las manos se convierten en una de los principales instrumento para mostrar los afectti (los sentimientos, el famoso retrato psicológico) pero también se convierten en ejes de la iconografía al destacar aspectos ideológicos de la historia. De hecho, a través de las manos todas las figuras hacen relación a Cristo.
Este es el grupo de Tomás, Santiago el Mayor y Felipe, también sin barba.
 Mateo, aparentemente sin barba o con barba rala, Judas Tadeo y Simón el Celote formar otro trío.
La perspectiva
Se atribuye a los arquitectos italianos Brunelleschi y Alberti la invención de la perspectiva cónica lineal, la que mejor consigue aproximarse a nuestra forma de ver. Las rectas que son perpendiculares al espectador parecen juntarse todas en un único punto en el horizonte, que se llama punto de fuga. Se considera que el horizonte está a la altura del espectador. La importancia de las líneas convergentes en un lugar, convierten a este punto en un centro especial de interés. En la imagen, las líneas  convergen en la cabeza de Cristo. En este sentido, las paredes y el techo crean líneas de fuga a través de los tapices y casetones que nos conducen hacia la pared del fondo (perspectiva lineal). Pero también usó otras formas para conseguir la tridimensionalidad. Así, busca una definición del espacio a través de la nitidez de los perfiles (más nítido cuanto más cerca) que contrastan con el fondo azulado y borroso del paisaje tras las ventanas. Es una forma de anticiparse a la perspectiva aérea del barroco velazqueño. Y finalmente, la tercera forma es recurrir a la alternancia rítmica de zonas claras y oscuras en profundidad que consiguen crear la impresión tridimensional.
Santa María de las Gracias. Última Cena. Leonardo da Vinci. Refectorio con la pintura al fondo
Pero Leonardo no quiso solamente crear un efecto de tridimensionalidad en el espacio representado, sino que intentó unificar éste (el figurado) con el real del propio refectorio. La forma de realizarlo se basa en conseguir una simulación de continuidad en la zona pintada que se cubre con la misma techumbre que la real, sigue el ritmo de las paredes repitiendo sus mismos motivos e incluso es iluminada desde el mismo lado (la izquierda) que la sala real.
Leonardo, siguiendo las leyes de la perspectiva lineal, agranda ópticamente el muro frontal del refectorio con un cenáculo fingido. El recurso utilizado estriba en hacer converger las líneas de fuga hacia las tres ventanas abiertas a la espalda de Cristo, que confieren profundidad y luz natural a la estancia.
La luz
Hay dos focos de luz. Un foco, procedente del exterior, a la izquierda del espectador, iluminar la escena y a los personajes suavemente, sin crear un claroscuro excesivo ni expresivo. No tiene, por tanto, otras funciones que las descriptivas, sin intenciones de dar mayor intensidad a la escena. Del fondo, tras la tres ventanas abiertas, proviene otra luz, esta vez exterior y azulada. Su origen puede encontrarse en el mundo flamenco del que tantas cosas extraería Leonardo (luz fría y azulada, las ventanas que producen un diálogo interior-exterior, la propia técnica del óleo...).
La técnica pictórica
El procedimiento del fresco no le interesaba a Leonardo, ya que su rápido secado exigía prontitud de ejecución y el artista necesitaba tiempo para estudiar cada detalle. Trató de inventar un sistema que le permitiese pintar al temple y óleo sobre la pared. El resultado del experimento fue desastroso y la pintura que vieron los contemporáneos "llena de majestad y belleza", está actualmente desvanecida.
Desde 1726 se llevaron a cabo intentos fallidos de restauración y conservación. En 1977 se inició un programa haciendo uso de las más modernas tecnologías, como consecuencia del cual se han experimentado algunas mejoras. Aunque la mayor parte de la superficie original se ha perdido, la grandiosidad de la composición y la penetración fisionómica y psicológica de los personajes dan una vaga visión de su pasado esplendor.

¿Podría verse así?