Como se sabe, el Juicio Final fue censurado enseguida debido a las excesivas desnudeces consideradas obscenas e inadecuadas, hasta el punto de que el Concilio de Trento determinó su corrección. En 1564 se encargó a Daniele da Volterra y,  a su muerte, a Girolamo da Fano y por último a Carnevale el trabajo. Las intervenciones censoras continuaron incluso en épocas sucesivas. Casi todas estas intervenciones, que son 42, han sido pintadas al temple, a excepción de dos: san Blas y santa Catalina, que se rehicieron al fresco después de haber borrado a golpes de cincel el original. La copia de Venusti conservada en Nápoles nos muestra cual era la versión original de estas dos figuras. En la imagen inferior, zonas de intervención.
Las dos figuras originales de san Blas y santa Catalina (en el centro, a la derecha) se han perdido para siempre, mientras que debajo de los otros velos se encuentra todavía la pintura original, quizá ligeramente raspada. Por este motivo, al hacer la restauración, se planteó el problema de conservar los velos o recuperar la pintura original. Tras larga reflexión se decidió conservar las del siglo XVI porque representan un importante testimonio histórico, al haber sido ordenadas por el Concilio de Trento, mientras que se decidió eliminar las tardías, desprovistas de importancia histórica, desde el momento en que no se sabe quién ordenó pintarlas. La investigación científica realizada por tres institutos distintos, el Gabinete de Investigaciones Científicas de los Museos Vaticanos, la Universidad de Roma y la de Turín, ha permitido fechar y seleccionar los diversos velos, resultando que los del siglo XVIII son 22.
Esta tabla (parte superior. Pulsa sobre la imagen para ampliarla.) de  188.5 x 145 cms fue encargada a Marcello Venusti por el cardenal Alessandro Farnese para recordar la obra maestra de Miguel Ángel. Fue realizada en 1549, un momento anterior a la intervención de la censura realizada por Volterra. Se encuentra en el museo de Capodimonte (Nápoles). Gracias a esta copia podemos conocer qué aspecto tenían las figuras censuradas. Se han conservado también varios grabados sobre papel.
Se preguntó a Gianluigi Colalucci, autor de la restauración de las pinturas del techo de la capilla Sixtina: ¿Cuál fue  el argumento que les llevó a quitar los paños añadidos a los desnudos por Daniele da Volterra, el «Braghettone», a las órdenes de Pablo IV? Contestó: "Fue un argumento estrictamente histórico-crítico, no religioso. Después de la restauración de la bóveda, hubo un congreso en el Vaticano al que se consultó sobre la cuestión. Unos estaban a favor de quitarlos y otros de dejarlos, pero se encontró un camino intermedio, diferenciando los paños del siglo XVI, los del siglo XVIII y los del XIX. Se estableció que los primeros tenían una fuerte carga histórica, porque estaban ligados al Concilio de Trento, que da una orden precisa y documentada de corregir el Juicio Final. En los de los siglos posteriores no había esa carga histórica y fueron retirados, porque se hizo prevalecer el criterio estético. Los paños son cuarenta y cuatro en total, la mitad del XVI, que se han mantenido, y la otra mitad del XVII y XVIII, de los que desaparecieron todos menos cuatro, que se han dejado como testimonio de aquellas intervenciones tardías".  En la imagen superior, detalle de la copia de Venusti, y aquí abajo, tal como ha quedado ahora.
En la parte central del fresco, a la derecha de la figura central de Cristo, hay dos santos mártires con los instrumentos de su tortura. Son san Blas, blandiendo peines de cardado de hierro, y santa Catalina de Alejandría con una pieza de la rueda dentada. La posición de los dos con Blas, de pie detrás de Catalina, en cuclillas despertó la sospecha. Además de cubrir a la santa, se modificó la postura de san Blas. A la izquierda, la copia de Venusti; a la derecha, estado actual de las imágenes. Abajo, grabado de Niccolo della Casa de 1548; se encuentra en el Metropolitan Museum (Nueva York).
A Biagio da Cesena, maestro de ceremonias del papa, le parecía "muy indecoroso que se hubiesen pintado en un lugar tan respetable toda esa cantidad de desnudos, mostrando sin pudor sus vergüenzas, y que no era una obra propia de la capilla de un papa, sino para una sauna (stufe) o una hostería." Los stufe eran baños públicos donde se podía contratar los servicios de "señoritas de compañía". En definitiva, Biagio da Cesena le estaba llamando finamente a Miguel Ángel "pintor de burdel". ¿Y qué hizo Miguel Ángel? Vengarse de él retratándole de esta forma en su Juicio Final. Miguel Ángel representa a Biagio como Minos, rey cretense que mandó construir un laberinto para encerrar al minotauro. Una vez muerto, Minos se convirtió en uno de los tres jueces del infierno. Dante le describe en su Divina Comedia como un ser monstruoso con una larguísima cola que utilizaba para indicar a los condenados a cuál de los nueve círculos del infierno estaban destinados. Por ejemplo, si Minos se enroscaba la cola a su cuerpo dando dos vueltas, como hace en la imagen de Miguel Ángel, el condenado debía quedarse en el segundo círculo del infierno. Y si la cola daba nueve vueltas, ya se podía ir preparando para un cara a cara con el mismísimo Satanás. La cola que describe Dante se convierte aquí en una serpiente, probablemente por asimilación con la de Adán y Eva. Para enojar un poco más a Biagio, Miguel Ángel le añadió unas orejas de burro para dejar bien patente su ignorancia. La reacción de Biagio da Cesena al verse así retratado la conocemos gracias al humanista de la época, Lodovico Domenichi. Por lo que nos cuenta Lodovico, el papa Paulo III, que estaba hasta cansado de oír las quejas de su maestro de ceremonias (ch'egli l'importunava pur tuttavia, dice literalmente), le contesta de esta forma: "Biagio, usted sabe que Dios me ha dado potestad sobre el cielo y la tierra, pero mi autoridad no se extiende al infierno. Ya que no puedo liberarle, deberá tener paciencia". Pero la sorpresa saltó cuando se restauró el fresco del Juicio Final y se eliminaron muchos de los repintes que se habían hecho para censurar tanto "desnudo indecente". La figura del rey Minos sufrió una ligera transformación que no debió gustar nada a Biagio.