El fresco de La Disputa del Sacramento, que representa el triunfo de Cristo en su cuerpo glorioso y bajo la forma de Eucaristía, está concebido con grandiosidad extraordinaria. La geometría impone su ritmo, poniéndose al servicio del ideal religioso. El esquema es rigurosamente geométrico. Las figuras se ordenan como si constituyesen el gigantesco ábside de un templo. Ligados por su mímica, todas las figuras convergen en el ostentorio o custodia.
En la parte superior: 1. san Pedro; 2. Adán; 3. san Juan Evangelista; 4. David; 5. san Lorenzo; 6. Judas Macabeo (?); 7. Santiago, 8. san Esteban; 9. Moisés; 10. Santiago el Mayor 11. el profeta Abrahán; 12. san Pablo.

En la parte inferior: 13.el arquitecto Bramante;14. Francisco María della Rovere; 15. el papa san Gregorio Mgno16. san Jerónimo;17. el pintor fray Angélico;18. san Ambrosio; 19. san Agustín; 20. sto. Tomás; 21. el papa Inocencio III; 22. san Buenaventura; 23. el papa Sixto IV; 24. Dante: 25. Savonarola.
La Santísima Trinidad está representada en forma vertical. Dios Padre reinando sobre la luz dorada del Cielo, retirado, como si su persona resultara inaccesible sin la mediación de Cristo. Debajo, Dios Hijo Como único intercesor entre Dios y los hombres. Más abajo, Dios Espíritu Santo rodeado de los Cuatro Evangelios, por Él, inspirados.
El centro está ocupado por Cristo, como juez universal, ocupando el centro del cuadro, en una posición preeminente, como guía absoluto de la Iglesia, rodeado por la Santísima Virgen Maria y, en un nivel más bajo, Juan el Bautista, precursor de Cristo