En La Escuela de Atenas nos dice cómo ha sabido asimilar el tono monumental de las ruinas gigantescas de Roma. Desarrolla el pensamiento de que no había oposición entre la filosofía griega y la cristiana. Platón y Aristóteles figuran en primer plano.
1-Platón con el Timeo y pintado como Leonardo da Vinci. 2-Aristóteles con la Ética en la mano. 3-Heráclito pintado como Miguel Ángel. 4-Diógenes de Sínope. 5-Sócrates. 6-Esquines o Jenofonte. 7-Antístenes o Jenofonte. 8-Alcibíades o Alejandro Magno. 9-Zenón de Citio o Zenón de Elea. 10-Epicuro. 11-Averroes. 12-Federico II Gonzaga. 13-Boecio o Anaximandro o Empédocles. 14-Pitágoras. 15-Hipatia (pintada como Margherita o el joven Francesco Maria della Rovere). 16-Parménides. 17-Plotino. 18-Apeles como Rafael. 19-Estrabón o Zoroastro? 20-Protógenes como El Sodoma. 21-Claudio Ptolomeo. 22-Euclides o Arquímedes junto a un grupo de estudiantes (pintado como Bramante).
Heráclito representado por Miguel Ángel mientras escribe un soneto. En el boceto original no había incluido esta figura, pero tras ver la obra de Buonarroti en la capilla Sixtina decidió incluirlo por respeto. A su lado Diógenes, filósofo de la escuela cínica.
Estrabón, geógrafo e historiador griego,  o Zoroastro, fundador del mazdeísmo, y Ptolomeo con el globo terráqueo.
Euclides o Arquímedes  (pintado como Bramante) junto a un grupo de estudiantes.