El monasterio de San Juan de Duero es fruto de una secuencia constructiva de la que el primer elemento es su sencilla iglesia, tal vez ermita, que data del XII.

El claustro servía de nexo de unión entre el espacio dedicado al culto y el que daba paso a las distintas dependencias de carácter asistencial y residencial. Comienza a edificarse por la esquina noroeste, de orden románico a principios del XIII. Y con ese cuadrante ya levantado, se produce una transformación en la ejecución del claustro. A partir de entonces se continúa la obra con tres modelos distintos ajenos al románico, que se caracterizan por la coexistencia de un fuerte carácter musulmán co iconografía y técnicas puramente románicas.

El claustro que se construye a principios del XIII es la única dependencia monacal que queda y una de las más originales del románico español por la variedad de los influjos recibidos: trazas románicas, arcos apuntados tendentes a la herradura, arcos que se entrelazan y otros secantes. Los chaflanes, con clara influencia árabe, están rematados con arcos califales. No mantiene la techumbre lo que le da más originalidad.