Esta arqueta, llamada de los marfiles, que fuera urna de restos de San Pelayo y de san Juan Bautista, data del año 1059. Realizada en madera, lleva incrustados 25 marfiles, material que le da nombre. Los doce Apóstoles están colocados en hornacinas con arcadas. Presenta cruces patadas de tradición visigoda. En la parte superior, el Agnus Dei, el Tetramorfos, San Miguel, San Rafael, ángeles y otras figuras humanas. Esta obra, al igual que el Arca de las Bienaventuranzas (hoy en el Museo Arqueológico de Madrid), es de la escuela de marfiles leoneses y está realizada por artífice que conoce perfectamente lo musulmán sin que, no obstante, pueda ser identificado como tal.