El Panteón tiene un grupo importante de capiteles y de gran calidad por su talla. Son el punto de arranque de la escultura en Castilla. Unos son de tema vegetal, otros tienen figuras zoomorfas y los hay también historiados, como los dos que decoran el antiguo ingreso en el templo, sorprendentes por ser los primeros que en el arte románico español reproducen escenas evangélicas; el de la izquierda representa la resurrección de Lázaro y el de la derecha, la curación del leproso. A modo de ejemplo, estos son algunos de los capiteles de este lugar.
Capiteles de bolas, piñas y palmetas.

Hombre alanceando a un león. No podían faltar en una sepultura real (a fin de cuentas un guerrero de Dios) las escenas mitificando la vida del guerrero como cazador y dominador de las bestias.

Dos grifos o palomas alados picoteando en un jarro. Es un tema frecuente en los recintos funerarios y en las iglesias como representación eucarística.
Curación del leproso. Cristo, con nimbo crucífero y la identificación de IHS, apoya la mano derecha sobre la cabeza del leproso arrodillado; a la izquierda de Jesús hay dos apóstoles, el primero San Pedro, lleva una gran llave.

Resurrección de Lázaro. Aparecen seis figuras; Cristo con nimbo crucífero, Marta y María, dos discípulos y Lázaro saliendo del sepulcro.
Balaam y su burra.