El interior de la iglesia es de una sola nave. La iglesia está prácticamente exenta de decoración, por lo que la mirada del visitante converge de inmediato en el ábside y en el tramo que precede a este donde se encuentra el conjunto de pinturas murales que datan, según el juicio de la mayoría de los autores que las han estudiado de finales del siglo XII o principios del XIII. La parte central del ábside, lo que se llama la cuenca absidal, la más restaurada, está ocupada por una representación del Pantocrator rodeado por una doble mandorla. En el interior de la segunda mandorla, más ancha que la primera, se disponen los Veinticuatro ancianos del Apocalipsis, tocados con coronas o bonetes y llevando en sus manos redomas o instrumentos musicales. Están colocados por parejas alrededor del Trono, disposición que no tiene precedentes pictóricos ni escultóricos y que bien pudiera ser de influencia francesa. La representación del Pantocrator sigue tradicional modelo iconográfico. Cristo bendice con la mano derecha, teniendo cerrado el libro de la Vida en su izquierda. Su amplia vestimenta acentuada en rojo, destaca la impresión de majestad. Ocupando los cuatro ángulos el Tetramorfos (los cuatro evangelistas con sus símbolos: hombre, águila, león y toro).
La bóveda del presbiterio aparece ocupada en el lugar central por la representación del Agnus Dei o Cordero Místico, dentro de un círculo de fondo azul (clípeo) enmarcado con una banda de motivos geométricos en forma de dientes de sierra y sujetado por ángeles. A ambos lados se ven dos escenas de difícil interpretación.